En un sistema de tratamiento de residuos existen naturalmente dos tipos de bacterias. Las que son degradativas, aunque insuficientes en calidad y cantidad y un porcentaje variable de bacterias no deseables como, por ejemplo, la Escherichia Colli y otros coliformes.

Con la introducción de una importante cantidad de bacterias benéficas seleccionadas se produce una competencia por el sustrato, lo que trae aparejado una exclusión de las bacterias no deseables y un sinergísmo con las degradativas naturales.
Dicha exclusión competitiva elimina bacterias que resultan patógenas para los animales, eliminando de esta manera una importante fuente de enfermedades.

El control de los malos olores es uno de los problemas más preocupantes que debe enfrentar un productor, siendo los dos principales culpables el sulfuro de hidrógeno y el amoníaco.
Por el proceso de exclusión competitiva se produce también una drástica eliminación de las bacterias generadoras de sulfídrico proveniente de la descomposición por medio de las bacterias de los aminoácidos azufrados (cistina, metionina, y el sulfuro que contiene tiamina, ácido biótico y lipóico).
El amoníaco es producido en el estiércol durante la conversión del nitrógeno de la urea en nitrato, siendo su proceso: urea-amoníaco-nitrito-nitrato.

En este ciclo, se produce la oxidación del amoníaco en nitrito. Esta reacción es lenta e inhibida por la temperatura, pH, y otras condiciones químicas que se encuentra en el desecho. Cuando la urea se convierte en amoníaco más rápido que la conversión de amoníaco en nitrato, el exceso de amoníaco se libera al aire.
Cuando la incorporación de bacterias benéficas comienzan a acelerar el ciclo del nitrógeno, o sea la transformación del amoníaco de la urea (producto de las proteínas) en nitrato, impiden de esta manera la liberación del amoníaco.
 

Cuando la incorporación de bacterias benéficas comienzan a acelerar el ciclo del nitrógeno, o sea la transformación del amoníaco de la urea (producto de las proteínas) en nitrato, impiden de esta manera la liberación del amoníaco.

necesidad del uso de removedores e insuficiente actividad degradativa en pozos estercoleros.
El implementar un programa regular de incorporación de bacterias seleccionadas desde los galpones beneficiará notablemente el flujo de agua de los mismos, ya que las bacterias se mueven a través del desecho líquido, rompiendo las estructuras orgánicas que actúan como matriz para la formación de grandes concreciones de sólidos.
La incorporación de bacterias seleccionadas en los sistemas de lagunas aeróbicas o anaeróbicas se realiza mediante una dosis obtenida en base al volumen total de la misma, para introducir la cantidad de bacterias correctas para su más eficiente labor.

En las condiciones ambientales propicias (temperatura, pH, nutrientes, etc.) se producirá una reproducción acelerada de las bacterias que comenzarán a degradar, haciendo notorio en los primeros días la reducción de olores y una intensa actividad de burbujas que indica la producción de CO2 desde el fondo hacia la superficie, siendo la prueba cabal que ha comenzado un metabolismo microbiótico saludable.

La manera de cuantificar esta actividad se realiza mediante la determinación de diferentes análisis físico-químicos entre distintos períodos, para obtener y comparar los niveles de la D.B.O., D.Q.O., Sulfuros y Biológicos completos, entre otros, en los cuales se visualizan la producción de mejoras notorias cuando la biomasa es aumentada.