Se denomina así a la práctica de asistir a la población bacteriana nativa de un sistema depurador mediante el agregado de microorganismos especializados, desarrollados con el fin de proveer una mayor remoción de la carga orgánica y un incremento de la efectividad de la biomasa.

Los problemas frecuentes en donde se considera la bioaumentación como la alternativa mas eficiente son: sobrecargas de la D.B.O. y D.Q.O., producción de olores, variaciones de las fuentes de carbono recibidas y problemas en la sedimentabilidad de los barros.